确切地說，微生物菌劑是菌而不是肥，因為它本身并不含有植物生長發育需要的營養元素，而隻是含有大量的微生物，在土壤中通過微生物的生命活動，改善作物的營養條件。

使用方法：

1、育苗：采用盤式或床式育秧時，可将生物菌肥拌入育秧途中堆置三天，再裝入育苗盤和育苗釘。營養缽育苗時，先将生物菌肥均勻拌入育苗土中，再裝入營養缽育苗時。因育苗多在溫室或塑料棚中進行，溫濕度條件比較好，易于微生物繁殖生長，用量可比田間基肥的小一些。

2、基肥（底肥）：生物菌肥用量少，單施不易施勻，覆土之前易受陽光照射影響效果，有風天又會發生被風吹跑的問題。因此，用作基肥時在施用有機肥條件下，應将金寶貝微生物菌肥與有機肥按1:500-1.5:500的比例混勻，用水噴濕後遮蓋，堆腐3-5天，中間翻到一次後施用。施用時要均勻施于壟溝内，然後起壟；如不施用有機肥，以1千克生物肥拌30-50千克稍濕潤的細土，均勻施于壟溝内，然後即起壟覆土，注意與化肥隔開使用。在水田或旱田也可以均勻撒施于地表，然後立即耙入土中，不能長時間暴露在陽光下暴曬。

3、口肥：在施用有機肥或化肥做基肥的基礎上，用生物菌肥做種肥，或掩播作物做種肥使用，刨掩後将拌有細土的生物菌肥施于掩中，再點種。

4、拌種：先将種子表面用水或用豆漿、紅糖水噴濕潤，然後将種子放入菌肥中攪拌，使種子表面均勻沾滿菌肥後，在陰涼通風處稍陰幹即可播種。拌種後不要放置在陽光下暴曬，也不要放置時間過長。拌種用菌肥量與種子大小有關，煙草等小粒種子，每千克種子50-100克即可，大粒種子需要量就多一些，拌有金寶貝菌肥的種子播種後也要立即覆土，防止陽光中紫外線殺傷菌肥中的微生物。

5、噴施：也是一種用于追肥的施用方法。将生物菌肥先用少量水浸泡4-6小時，然後再加水進行攪拌，攪拌後用較細目布或尼龍紗網布過濾，将慮清液噴施在作物葉背面和果實上。整個生育期中，根據作物生長情況結合作物營養臨界期和最大效應期噴施2-3次。噴施時最好在傍晚或無雨的陰天。噴施追肥的方法适用于蔬菜和密播作物。噴施有明顯增産效果，但效果一般要低于土壤施用效果。以土壤施用與噴施相結合效果最好。

注意事項：根據生物肥料的特點，在使用過程中一般要求注意以下幾個問題：

一是使用生物肥料要求一定的環境條件和栽培措施，以保證微生物生長繁殖所需要的環境條件，使肥料充分發揮作用；

二是生物肥料一般不能單獨施用，一定要和化肥、有機肥配合施用，隻有這樣才能充分發揮生物肥料的增産效能；

三是在生産、運輸、貯存和使用過程中注意殺菌條件。

利用土壤中一些有特定功能的細菌而制成的菌肥，具有改良土壤、保護生态環境等明顯的生态效益，是21世紀生态農業的好肥料。但長期以來，由于一些菌肥效果不穩定，菌數少，無效和有害的雜菌多，細菌在土壤中成活率低，造成菌肥對作物增産的效果不理想，農民不愛使用。