微生物肥料生産的原料一般都是農副産品，輔料一般是農業廢棄物，這些資源是可再生的，也可以解決廢棄物利用問題，是可持續的。用到土壤裡，普遍反映，可以改善土壤結構，可以持續減少土傳病害的發生。

　　功效方面，化肥就是提供營養元素氮磷鉀等。微生物肥料不直接提供營養元素，它的功能是多樣的，有提高肥料利用率，有促生的，有防病的，有提高耐鹽耐堿耐寒等提高抗逆性的，是功能性的産品。普遍反映，用了微生物肥料有防止土壤闆結，改善農産品品質，符合環保要求。

　　總體而然，微生物産品綠色環保，不污染土壤。

　　産業存在的痛點：效果慢，沒有化肥效果那麼明顯，見效沒有那麼快。成本偏高，在小麥、玉米、水稻等大田作物的推廣施用上還有一定的成本難度。

　　微生物肥料應用技術要求相對較高，不像化肥使用起來那麼簡單。因為微生物肥料是活的生物體，不能和某些殺菌劑混合使用，有些微生物肥料不能和有些化肥一起使用(如容易釋放铵離子的化肥)，因為許多微生物對铵離子很敏感，混合施用對菌劑的影響還是很大的。再一個，微生物肥料施用的時機需要提前，不能像化肥一樣看到缺肥再去施用。

　　微生物肥料最大的問題是産品質量的穩定性問題。各個廠家或者同一廠家不同批次産品的質量的穩定性存在問題。

　　這是因為微生物肥料本身的特性決定了産品質量比較難把控，再一個，部分廠家可能不注重産品質量穩定性的控制(難度大，也看不出來)。造成産品質量參差不齊，緻使田間效果不穩定(不同區域、不同年份效果表現不一緻)，微生物肥料、制劑要是能解決這個問題，我覺得這個産業未來還是能有更大的發展的。

　　微生物肥料标準中，一般生物菌肥的保質期為3-6個月，實際操作中是有難度的，除芽孢杆菌以外，大部分其它微生物制品3個月是相對穩定的保質期，3個月之後就開始大量死亡。

　　保質期短，這是由微生物肥料的特性決定，而生産——銷售——施用整個過程，就不一定能在3個月内完成。産品放的時間長了，導緻效果會大大降低。有些企業技術力量可能也不太很雄厚，對這方面管控也不是很嚴格。質量管控得好的話，産品功效還是有保障的。